使用UCSC查找一个基因的启动子序列

aqi96

以TGFBR1基因为例子来说明一下。
首先进入主页 http://www.genome.ucsc.edu/
点击tables 标签，进入一个界面。可以看到clade,genome,group,track,region 等等选项。
具体设置见图一：

然后在position后面的文本框中输入你要找的基因，如TGFBR1。选择genome选项，点击get output按钮。

aqi96

在出现的新页面上记下这个基因的位置，如：“chr9:100907233-100956294 ”
退回到原来那个页面中，在position后面的文本框中输入chr9:100907233-100956294 。
其他设置跟上面一样。
点击get output按钮。
出现一个页面，有三个选项。分别是genomic，protein, mRNA。选择genomic。点击 submit。
出现如图2所示的页面。
Promoter/Upstream by bases 是指转录起始位点上游的碱基数，其实就是启动子了，你大概估计一下启动子的长度。我选了2000bp。
其他选项可以根据你自己的需要来选择,不光可以查找启动子序列，而且可以查找全序列，根据选择来定，如选择cds,就会列出cds序列了。
我研究的还不是很透彻，希望有高人能够多多指点。